Можете подсказать туторы или просто объяснить, как скомпиленный cljs в один огромный файл, потом применять? Есть куча примеров, у реагента, рама и т.д., как создавать структуры. Но я нигде не могу найти, как связать скомпиленный файл с моими объявленными компожурой маршрутами. Я пробовал встроить скомпиленный js файл в html документ, лежащий в ресурсах, как скрипт, но так даже hello world не работает. Если же я встраиваю таким образом обычный js файл, содержащий стандартный alert, то все работает.

Попробуй взять, например, luminus и сгенерировать проект, там можно посмотреть структуру приложения и понять как происходит рендеринг. А так тебе надо отдавать html и в определенный div рендерить свое js-приложение, если я правильно понял вопрос.