No mundo clojure existe 2 "package managers" leiningen e boot. O mais usado, e melhor para quem está começando (por ser mais usado) é leiningen. https://leiningen.org/ http://boot-clj.com/

Você já tem um desses instalado?

uso o leiningen

Se tem uma problema específico, pode perguntar aqui ou no #leiningen e a gente tenta resolver. Não tenho tido muito problemas com dependéncias, pelo menos não no lado clojure (agora, com clojurescript ...). Eu uso mais leiningen, mas estou começando usar o boot para algumas coisas. Acho o boot mais simples, e o leiningen mais fácil.